pemerintahan belanda menyerahkan irian baray kepada untea yang berada dibawah pimpinan

telah dipersiapkan pula operasi penentuan yang bernama Operasi Jaya Wijaya dengan target pelaksanaan pada awal Agustus 1962. Tujuan dari operasi ini adalah untuk merebut daerah Irian Barat. Operasi Jaya Wijaya dibagi atas Operasi Jaya Wijaya I untuk merebut udara dan laut, Operasi Jaya Wijaya II bertujuan merebut Biak, Operasi Jaya Wijaya III merebut Hollandia dari Laut, dan Operasi Jaya Wijaya IV yang bertujuan merebut Hollandia dari udara.

Untuk melaksanakan operasi tersebut, Angkatan Laut Mandala di bawah Kolonel Laut Sudomo membentuk Angkatan Tugas Amfibi 17, yang terdiri dari tujuh gugus tugas, sedangkan Angkatan Udara membentuk enam kesatuan tempur baru.

Akan tetapi sebelum Operasi Jaya Wijaya ini dilaksanakan datanglah perintah dari Presiden untuk menghentikan serangan pada tanggal 18 Agustus 1962.

Perintah presiden diikuti dengan surat perintah Panglima Mandala yang ditujukan kepada seluruh pasukan dalam jajaran Mandala yang berada di daerah Irian. Isi perintah panglima itu adalah: agar semua pasukan mentaati perintah penghentian tembak-menembak dan mengadakan kontak dengan perwira-perwira peninjau PBB.

Surat perintah presiden tersebut dikeluarkan setelah menandatangani persetujuan antara pemerintah RI dan Belanda mengenai Irian Barat di Markas Besar Perserikatan Bangsa-Bangsa pada tanggal 15 Agustus 1962. Berhasilnya Trikora adalah berkat kerjasama bidang militer dan diplomasi. Diplomasi tanpa adanya dukungan militer akan sia-sia, seperti yang telah dialami sebelum keluarnya Trikora.

Operasi terakhir yang dilaksanakan adalah operasi Wisnu Murti yakni operasi menghadapi penyerahan Irian Barat kepada pemerintah Indonesia pada tanggal 1 Mei 1963. Dengan demikian, pada tanggal 1 Mei 1963 tugas Komando Mandala telah selesai dan komando tersebut secara resmi dibubarkan.