Kelemahan dari pengolahan limbah dengan metode biologi

Perlu penambahan nutrisi / suplemen seperti ; urea, tetes tebu, KCL dan BIO Active.Diperlukan Bak Aerasi/Aerobik dengan waktu tinggal dijaga sekitar 8-14 jam.Perlu dilakukan analisa secara berkala untuk parameter diatas ( BOD, COD, MHSS, SV30).Perlu dilakukan SDM yang memehami tentang bahan kimia dan biologi.Diperlukan bak stabilisasi, untuk menyimpan lumpur (sebagai cadangan bakteri).Menambah energy listrik untuk blower (1 Kw untuk blower dapat mengolah air limbah).Bila terjadi trouble pada pengolahan (misal terjadi shock-loading), maka cadangan bakteri di Bak stabilisasi dapat dialirkan ke dalam Bak Aerasi.