Dengan mikroskop, terlihat tiga struktur utama di luar dinding sel walaupun tidak semua bakteri memiliki ketiga struktur tersebut. Ketiga struktur tersebut adal

flagel,pili,kapsul
flagel=alat gerak (motile organ ) berbentuk cambuk pada sejumlah organisme ber sel satu,
pili=berupa filamen atau benang, lebih kecil, lebih banyak, dan lebih pendek daripada flagel,
kapsul=merupakan bahan kental yang mengelilingi dinding sel bakteri.